アルセウスとミュウのどちらがポケモンの起源かで矛盾になってるけど普通に考えて、

1: ポケモン速報 2019/10/26(土) 16:13:36.340 ID:3utMesR70

アルセウスはあくまでこの世の創造とディアルガ、パルキア、ギラティナ、ユクシーアグノムエムリットを産み出しただけであってそれらを除くポケモンの誕生には一切関与していない
そしてポケモン図鑑の説明やアニメでの描写から、ポケモンの世界には人間だけでなく現実の動植物も存在していることが確認でき、
さらにミュウの名前の由来がミュータント(突然変異)であることから、ミュウは元々ポケモンではなく古代に生息した哺乳類から突然変異してアルセウスの意図なく産まれた、天然由来では初となるポケモンだと考えたほうが自然なんだよ
図鑑の説明でもあくまで「ミュウは全てのポケモンの始まりであると信じる学者が大勢いる」と中途半端で仮説の域を出ておらず、正式に学会で認められているわけではないのでキッサキ神殿のような歴史的建造物が残っているアルセウスと比べると信憑性に欠ける

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source : ポケモン速報